2019年10月(yuè)1日(rì),5-羟(qiǎng)甲基化胞嘧(mì)啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿(niào)病研究领域(yù)取得重要进展。2型糖尿病(T2D)的血管并发症是导致2型糖尿病致(zhì)残致死的重(chóng)要(yào)病因,一(yī)直缺乏一种无创便捷(jié)的临床(chuáng)途径实现血管(guǎn)并发症的发生发展监测,达到早发现、早干预,以提高T2D病(bìng)人的(de)整体生活质量,减少卫生经济负担。
该研究入组了62例2型糖尿(niào)病病(bìng)人,采(cǎi)用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观遗传标志物5hmC的(de)分布(bù)情况进行检(jiǎn)测,分(fèn)析5hmC标志物(wù)与2型糖尿病血管(guǎn)并发症发生发展(zhǎn)的相关性。结果表明5hmC标志物的变化与T2D合并大血管/微血管事件具有(yǒu)相(xiàng)关(guān)性,主要涉及一(yī)些(xiē)与血管生物(wù)学(xué)和糖尿病(包括胰岛素耐受(shòu)和炎症反(fǎn)应)相关的基因和信号通路(lù)。该(gāi)研究建立的16个基因-5hmC标(biāo)志物组合检测可以准确区(qū)分(fèn)有并发症和无并发症的2型(xíng)糖尿病病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传(chuán)统临床变(biàn)量例如白蛋白尿(niào)。除(chú)此(cǐ)之外,还建立了13个基因-5hmC标志物组合检测,可以进一步(bù)区(qū)分T2D合并(bìng)单一(yī)并发症(zhèng)和多种(zhǒng)并发症(zhèng)[实验(yàn)组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显(xiǎn)优于其他传统临床变量。该研究得出(chū)结(jié)论,5hmC标志物反映(yìng)了(le)T2D病人大血管/微血管并发症发生过程中的表观遗传(chuán)变化,因(yīn)而5hmC-Seal检测技术在监测糖尿病血管并发症发生和进展方面具(jù)有良好的临(lín)床应用(yòng)前景。
试验(yàn)设计
本研究共(gòng)纳入(rù)62例2型糖尿病病人(rén),包括没有(yǒu)血管(guǎn)并发症(zhèng)的病(bìng)人12例,有(yǒu)单一血管并发症(zhèng)的病人34例(24例发(fā)生大血管事件,10例发生微(wēi)血(xuè)管事件),以及有多种血(xuè)管(guǎn)并(bìng)发症的病人16例。试验收集62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术(shù)捕获外周血cfDNA中(zhōng)的5hmC序列,进行二代(dài)测序,通(tōng)过生物信(xìn)息学(xué)分析找出(chū)并发症组与无并(bìng)发症组之(zhī)间(jiān)有显著(zhe)5hmC修饰差(chà)异的基(jī)因,单一(yī)并发症组和多种并发症组之间有显著5hmC修饰差异的基因(yīn)。随(suí)后利用回归模型对差异(yì)基(jī)因进一步筛选、优化,弹(dàn)性网络进(jìn)一步筛选,计算加权平均分,最(zuì)后得到一组具(jù)有高度灵敏度(dù)和特异性(xìng)的5hmC生物标(biāo)记物,并进一步在实验组(zǔ)中验(yàn)证,分(fèn)析(xī)其灵敏度和特异性。并将新建立(lì)的5hmC标志物(wù)基(jī)因组合(hé)的(de)检测性(xìng)能与传统临床变量进行对(duì)比分析(xī)。最后(hòu)对相关(guān)基因进行了信(xìn)号通路分析和功能(néng)探究。
5hmC修饰水平与血(xuè)管并发(fā)症(zhèng)具有相关性
利用逻辑回归模型对62例有并发(fā)症和(hé)无并发症2型糖尿病(bìng)病人的5hmC差异水(shuǐ)平进行分析发现,有并发症(zhèng)2型糖尿病病人(rén)的(de)622个差异修饰(shì)候选基因(yīn)(包括上调(diào)和下调基因)的归(guī)一(yī)化平均数要(yào)明显高于无(wú)并发症的病人(P<0.001),但是(shì)单一并发(fā)症和多(duō)发并发症(zhèng)病人之间没有显(xiǎn)著差异。
之后将有单(dān)一并发症或多种并发症的(de)50例病(bìng)人(rén)用(yòng)逻辑回归模型进行了(le)对(duì)比,发现多种(zhǒng)并发症的病人的153个差异修饰候选基因(包(bāo)括上调和下调基(jī)因)的归一化平均(jun1)数要低于无并发症病人(P<0.001)。
5hmC标志(zhì)物可区分有无并发症患者
62例2型糖尿(niào)病病人被随机分成训练(liàn)组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹性网络筛选后发现(xiàn),16基因-5hmC标志物组合检(jiǎn)测可以用于(yú)区分有(yǒu)并发症和无并发(fā)症的2型糖尿病病人。
基(jī)于(yú)16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平均分分(fèn)析,发现无并发症病人(rén)的分数在训练集和测试集中都明显低于(yú)有并发症的(de)病人。只(zhī)考虑(lǜ)加权平均分的话,受试(shì)者工作特(tè)征曲线(ROC)分析表明将cutoff值设(shè)置成(chéng)0.5时,在测(cè)试组中中(zhōng)的灵敏度(dù)为(wéi)60%,特异性为100%。 5hmC标(biāo)志物(wù)可区(qū)分病人是单一并发症还是多种并发症 50例有并发症的2型糖尿病病人被随(suí)机分(fèn)成(chéng)训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性网络筛选后(hòu)发现,13基因-5hmC标(biāo)志物组合可以区(qū)分2型糖尿病(bìng)病人(rén)是否发生(shēng)单一(yī)并发症(zhèng)或多种并(bìng)发症(zhèng)。 基于13基因(yīn)组合模型(xíng) (Detection Model 2), 我们计算(suàn)了单(dān)一并发症和多种并发症(zhèng)的加权平均分,发(fā)现在训练集和测(cè)试集中单一并发症和多种并发症病(bìng)人的分(fèn)数都(dōu)有明显差异(yì)。值(zhí)得(dé)一(yī)提的是,有(yǒu)肾病(bìng)并发症和无肾病并发症病人(rén)的(de)分数也有明显差异。利(lì)用加权平均分作为判断标准(zhǔn)的受试者工作特征曲线(ROC)表明,在测试组中(zhōng)当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物与(yǔ)传统临床变量/危险因子(zǐ)的对比 我们评(píng)估了不同临床变(biàn)量/危险因(yīn)子用于监测血管并发(fā)症的灵敏度和特(tè)异性(见表1)。
总体来说,结果表明一些临(lín)床变量(如尿液(yè)白蛋白、血清ALT、AST、肌(jī)酐、GGT、脂蛋(dàn)白a)虽然具有一定(dìng)的灵敏(mǐn)度(dù)和(hé)特异性,但是整体(tǐ)准(zhǔn)确度(dù)仍(réng)然(rán)差强人意,因此(cǐ)临床需要更(gèng)加准(zhǔn)确(què)的方法(fǎ)。另(lìng)外(wài),我们还在训练组中(zhōng)建(jiàn)立5hmC和不同临床变(biàn)量的多变(biàn)量组合模型进行评估,该模型(xíng)加权平(píng)均分(fèn)的AUC要明显大于传统临床变量的AUC。若(ruò)将这些临床变量与加权(quán)平均分进行结合,AUC也将进一步(bù)提高。因此(cǐ),该多变(biàn)量(liàng)模型表明加权平均分可(kě)作(zuò)为一个(gè)独(dú)立的指标(biāo)用于监测2型糖尿(niào)病血管并(bìng)发症。
信(xìn)号(hào)通路分析和功(gōng)能探究 有(yǒu)并发症和无并发症病人的135个差异候选基因的功能(néng)注释分析表(biǎo)明,这些基因主要富(fù)集在一(yī)些经典的信(xìn)号(hào)通路。错误发现率(lǜ)相关P值位于前10%和基(jī)因(yīn)数目≥3的信号通路(lù)包括(kuò)由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路。由IGF1R和IL-10介导的(de)信(xìn)号通路与胰岛(dǎo)素抵抗及炎症反应相关,在血管生物(wù)学和糖尿病发生发展过程中(zhōng)发挥重要作用。 Reactome相互作用网络的中心表明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛(fàn)素(sù)C (UBC),泛素A-52亚基核糖体蛋白融(róng)合产物1(UBA52)]是候选(xuǎn)基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连接者。在这135个差异(yì)候选基(jī)因中, 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖(táng)尿病病程相(xiàng)关(guān)的倾(qīng)向,表明5hmC和糖尿病血管并发(fā)症(zhèng)之间可能存(cún)在时间依(yī)赖性的(de)相互作用(yòng)。基于(yú)纵向时间(jiān)队(duì)列的大(dà)样本研究,将(jiāng)可进一步(bù)明确5hmC变化和糖尿病持续时(shí)间之间(jiān)的动态关联(lián)。关于单一(yī)并发症和多种并发症病(bìng)人(rén)的159个候(hòu)选标志基(jī)因的功能(néng)注释研究发(fā)现,存(cún)在细(xì)胞-细胞连接、胶原蛋白形成、新陈代谢、细胞应激应答(dá)信号通(tōng)路的(de)富集,这(zhè)些(xiē)信号通路均与细胞基本功能密切相关。 研究意义 血管并发症(zhèng)是(shì)三(sān)分之二(èr)糖尿(niào)病病人的(de)死亡原因,若能及(jí)早有效(xiào)控制(zhì)血管(guǎn)并发症的(de)发生,将极大地改善糖尿(niào)病病人的生存(cún)质量(liàng)。该研究建立了一(yī)种利用cfDNA进(jìn)行2型糖尿(niào)病血管并发症监测的无创便捷方法(fǎ),较目前(qián)临床标志物能更准确(què)地(dì)监控血管并发症的发生,从而提示(shì)临床及早采(cǎi)取应(yīng)对措施,有效控(kòng)制病情进展。
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